工程安全，水庫蓄水后，一旦失事將會造成不可估量的損失，為此要把這一問題放在首要位置加以考慮。除必須對采用的水文資料、地質資料、水力計算、水工結構分析等方面的可靠性進行評價外，還要對某些自然因素、人為因素可能帶來的風險作出估計。

泥沙問題，多泥沙河流上的水庫蓄水后，將引起水庫淤積和壩下游河道的沖刷，從而對航運、 防洪、 供水等方面造成一些新問題。對此，要慎重對待，根據水庫運用條件進行沖淤分析計算。必要時要研究設置適當的排沙設施，并考慮對水庫運行方式加以某些限制。

庫區淹沒，水庫淹沒處理是水庫工程建設的重要組成部分。編制工程規劃時，要根據水庫運行方式，考慮淹沒對象的具體條件劃定淹沒范圍并擬定不同的處理標準，提出相應的處理規劃。中國人多地少，許多水庫建設都將涉及大量移民安置問題。妥善安排移民生產生活，是處理規劃中的重要內容（見水利工程淹沒處理）。生態環境，水庫建成后，對生態環境造成的影響，也常是衡量工程可行性的重要因素。通常需要考慮的，除上述因庫區移民、水庫泥沙帶來的問題外，通常還需考慮：水庫蓄水后對水溫、水質、漁業生產條件、文化資源損失、庫區生物群體環境、疾病傳播與人群健康等方面的影響。所有這些都要作好預測并認真加以分析。