（1）提高土壤肥力。這是微生物肥料的主要功效，例如各種自生、聯合或共生的固氮生zd物肥料，可以固定空氣中的氮素，增加土壤中的含氮量；多種分解磷鉀礦物的微生物，如硅酸鹽細菌能分解土壤中的鉀長石、云母及磷礦石，使其中難溶的磷、鉀有效化。（2）制造和協助農作物吸收營養。有些菌肥施用后，由專于微生物的活動，不僅能增加土壤有效養分，還能產生多種激素類物質和各種維生素，從而促進作物的生長；根瘤菌肥中的根瘤菌向豆科植物一生提供的氮素占其一生需要量的30%～80%；VA菌根是一種土壤真菌，它可以與多種植物根共生，其菌絲伸出根部很遠，屬可以吸收更多的營養供各種植物利用，其中以對磷的吸收最為明顯。

生物肥料亦稱生物肥、菌肥、細菌肥料或接種劑等，但大多數人習慣叫菌肥。確切地說，生物肥料是菌而不是肥，因為它本身并不含有植物生長發育需要的營養元素，而只是含有大量的微生物，在土壤中通過微生物的生命活動，改善作物的營養條件。 目前，市場上出現的各種生物肥料，實際上是含有大量微生物的培養物。它們可以是粉劑或顆粒，也可以是液體狀態。將它們施到土壤里，在適宜的條件下進一步生長、繁殖，一方面可以將土壤中某些難于被植物吸收的營養物質轉換成易于吸收的形式，另一方面可以通過自身的一系列生命活動，分泌一些有利于植物生長的代謝產物，刺激植物生長。含固氮菌的菌肥還可以固定空氣中的氮素，直接提供植物養分，不過目前各種菌肥能固定的氮素數量十分有限。

生物菌肥又稱菌肥，微生物菌肥，生物肥，例如：金寶貝微生物菌肥，具有固氮解抄磷解鉀的能力，其內襲含有大量有益微生物，其中大量有益微生物能迅速在土壤中以幾何級數繁衍擴散，以知及功能微生物的代謝產物，能改善土壤的理化性狀，提高親水性、吸附性，增強通透性和保水保肥能力，從面改善作物品質，提高產量。目前已經有越來越多的人在使用微生物菌道肥。