按氣流流型潔凈室可劃分為：單向流潔凈室；非單向流潔凈室；混合流潔凈室；矢流潔凈室。

按潔凈室主要控制對象劃分潔凈室又可劃分為：工業潔凈室；生物潔凈室。

工業潔凈室：工業潔凈室主要的控制對象是灰塵粒子（不分有生命的、無生命的）。工業潔凈室主要應用在電子、航天、航空、機械、化工、化學制藥、能源、納米等工業中。尤其是電子工業和光電子工業更是離不開潔凈室和潔凈技術。生物潔凈室：生物潔凈室主要控制對象是有生命的、活的微生物粒子，如病菌、病毒等對人類、動物、環境有害的粒子。生物潔凈室廣泛地應用在醫療（潔凈手術室、潔凈病房）、生物制藥、實驗動物飼養、生物安全實驗室、衛生防疫檢疫的事業中。生物潔凈室的發展速度非常快，而且得到了各方的認同和重視。單向流潔凈室：單向流（層流）潔凈室，其中又分垂直單向流潔凈室和水平單向流潔凈室。單向流氣流的凈化原理是活塞和擠壓原理，把灰塵從一端向另一端擠壓出去，用潔凈氣流置換污染氣流。包括有垂直單向流和水平單向流。垂直單向流是氣流以一定的速度（0.25m/s~0.5m/s）從頂棚流向地坪的氣流流型。這種氣流能創造100級、10級、1級或更高潔凈級別。但其初投資很高、運行費很高，工程中盡量將其面積壓縮變小，用到必須用的部位。