養殖污水處理屬于富含大量病原體的高濃度有機污水，直接排放進入水體或存放地點不合適，受雨水沖洗進入水體，將可能造成地表水或地下水水質的嚴重惡化。由于畜禽糞尿的淋溶性很強，糞尿中的氮、磷及水溶性有機物等淋溶量很大，如不妥善處理，就會通過地表徑流和滲濾進入地下水層污染地下水。對地表水的影響則主要表現為，大量有機物質進入水體后，有機物的分解將大量消耗水中的溶解氧，使水體發臭；當水體中的溶解氧大幅度下降后，大量有機物質可在厭氧條件下繼續分解，分解中將會產生甲烷、硫化氫等有毒氣體，導致水生生物大量死亡；污水中的大量懸浮物可使水體渾濁，降低水中藻類的光合作用，限制水生生物的正常活動，使對有機物污染敏感的水生生物逐漸死亡，從而進一步加劇水體底部缺氧，使水體同化能力降低；氮、磷可使水體富營養化，富營養化的結果會使水體中硝酸鹽和亞硝酸鹽濃度過高，人畜若長期飲用會引起中毒，而一些有毒藻類的生長與大量繁殖會排放大量毒素于水體中，導致水生動物的大量死亡，從而嚴重地破壞了水體生態平衡；糞尿中的一些病菌、病毒等隨水流動可能導致某些流行病的傳播等。

畜禽養殖污水處理中含有較多的氮、磷、鉀等養分，如能做到合理施用可有效地提高土壤肥力，改良土壤的理化特性，促進農作物的生長。但如果未經任何處理就直接、連續、過量的施用，則會給土壤和農作物的生長造成不良的影響，如引起作物徒長、返青、倒伏，使產量大大降低，推遲成熟期，影響后續作物的生產等。

規模化養殖場每天排放的污水量大、集中，并且污水中含有大量污染物，如重金屬、殘留的獸藥和大量的病原體等，因此如不經過處理就排放于環境或直接農用，將會造成當地生態環境和農田的嚴重污染。